M&A後のシステム統合に使える補助金：事業承継・M&A補助金「PMI推進枠」の要点

M&A のあと、引き継いだ会社のシステムをまとめたり、データを移したりする費用に、国の補助金を使える場合があります。中小企業庁の「事業承継・M&A補助金」の PMI推進枠 です。

ここでは、16次公募（2026年10月2日〜11月6日に受付）の公募要領から、IT・システムに関わる要点を整理します。次の公募の日程は、2026年11月15日の時点で発表されていません。内容は回によって変わるので、申請の前に必ず最新の公募要領を確かめてください。

2つの類型

申請できるのは買い手の会社で、M&A のクロージングから3年以内の取組が対象です。

システムの費用はどの費目か

• 完成したソフトを買うときは「設備費」（特定の業務に使うもの。一般の事務用ソフトやライセンスは対象外）
• システムを作る・つなぐ作業を頼むときは「外注費」（請負）か「委託費」（委任）
• 対象外になるもの：Webサイトの新規制作・更新、販売用の商品の開発、従業員の研修

外注・委託の契約では、作ったものの利用権が買い手の会社に帰属するように書く必要があります。

気をつける決まり

• 契約・発注は交付決定のあと。交付決定の前に始めた作業は対象になりません。引き継いだ直後の急ぎの作業には間に合わないことがあります
• 2者以上から見積もりを取り、一番安い者を選ぶ。外注費・委託費は、1件50万円未満でも原則として相見積が必要です
• 2つの類型は、同じ公募の回に一緒に申請できません
• 親会社と、議決権の50%超を持つ子会社は「同一法人」とみなされ、1回の公募で1社しか申請できません。何社も続けて買う会社でも、1回に使えるのは1件です
• ベンチャーキャピタルのファンド（投資事業有限責任組合）が株を持っていても、そのことだけでは「みなし大企業」になりません
• 事業統合投資類型の委託費では、PMI の専門家への支払いは対象外です（専門家の費用は PMI専門家活用類型で出します）
• 申請書を代わりに有償で作れるのは行政書士だけです。公募要領は、行政書士でない者の有償の代行は行政書士法に違反するおそれがあるとしています

まとめ

IT の統合の計画づくりは PMI専門家活用類型、システムの導入は事業統合投資類型、と分けて考えると整理しやすくなります。どちらも、交付決定の前に動き出さないことと、相見積を取ることが要です。

出典

• PMI推進枠【PMI専門家活用類型】公募要領（16次）
• PMI推進枠【事業統合投資類型】公募要領（16次）
• 事業承継・M&A補助金 令和7年度補正